長禄年間（１４５７?５９）創建、本尊は釋迦牟尼佛。
開祖は、相国寺第四十二世勅諡興宗明教禅師（瑞溪周鳳和尚）です。師は道学兼備の碩匠にして多大の著書があり、天皇の崇敬と幕府の信望とを一身に集めました。第二世黙堂壽昭和尚は、相国寺に伝わる梵唄を校訂し、その音符は今に伝わっています。その中でも、『観音懺法』の聲明は第一であり、誇りとするところです。
江戸期に入り、第九世梅荘顕常和尚（大典禅師）は詩文に長じて一世を風靡し、幕府の信任を受けて、朝鮮修文職として多くの外交文書に携わり、しばし幕議に参与しました。師は天明の大火（１７８８）に遭った相国寺の復興に尽力し、再建を成し遂げたのです。
また三十三幅からなる「動植綵絵」をはじめ多くの作品を世に残した天才絵師、伊藤若冲の恩師であり、その交際も親密でした。
慈雲院は、当初は現在の京都産業大学附属中・高等学校になっている敷地にありましたが、明治二十九年（１８９６）に毀却し寺號を富春軒に移しました。
大正期に第十五世琢堂周圭和尚は一日一善を提唱し社会活動を行い、大正六年（１９１７）「衆善」誌を発刊し、大正十三年（１９２４）に和敬学園を創立し、現在に至ります。